El clima, la protección de las altas montañas, el régimen de lluvias, la humedad, las temperaturas frescas y la protección oficial convierten a Puebla de Lillo en un auténtico museo botánico de la montaña leonesa. Su joya es el Pinar de Lillo, un pinar natural de pino silvestre situado en el valle que sube hasta el puerto de Las Señales. Ocupa más de 200 hectáreas y su existencia se remonta a unos cuatro mil años.
En algunas zonas del pinar, los grandes pinos se mezclan con abedules, hayas y robles. En otoño, el suelo de este bosque es pródigo en setas, otra de las riquezas del monte.
En otras vertientes del municipio hay pinares de repoblación, piornales, rebollos y alguna encina. En otoño, el paisaje se cubre de tonos ocres con la caída de la hoja de los abundantes robles y hayas, y el verde del pino contrasta con el ocre y el amarillo de las hayas antes de perder la hoja.
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